Cuenta con 16 salas de exhibición en donde se halla una muestra muy representativa de la Biodiversidad y minerales de Colombia, así como de otros países Americanos y Europeos.
En la sala de Geología y Paleontología hay 948 piezas en especial de origen Brasileño.
La sala de Invertebrados e Ictiología marina y dulceacuícola se caracteriza por presentar diversas especies entre las cuales se pueden apreciar crustáceos, corales, caracoles y peces con un total de 629 ejemplares.
La sala de Herpetología está compuesta por 47 especimenes entre los que se destaca una Anaconda del Amazonas con 8 metros de largo, la víbora Equis Colorada y la Coral Caucana (ambas endémicas de este departamento), los enormes sapos Mamboré del Pacífico, cocodrilos, iguánidos y tortugas. La colección de referencia tiene 815 especimenes incluyendo dos holótipos.
Las salas de Entomología constan de 3436 piezas, siendo las mariposas son las más vistosas y llamativas, así como las arañas, centípodos, escarabajos, mantis, escolopendras, hormigas y escorpiones. La colección de referencia tiene 7414 especimenes. Uno de los mayores contribuyentes para esta colección fue el Profesor Bernardo Paz Rebolledo.
Las salas de Mastozoología (mamíferos) alojan 143 ejemplares de exhibición y 507 de referencia, destacándose el venado conejo, los osos de anteojos, un alce macho adulto cazado por el rey de Suecia, los pumas, un jaguar, varios simios y murciélagos.
En las salas de Ornitología hay 717 aves exhibidas, incluyendo el cóndor de los Andes y una hermosa colección de colibríes, tángaras, loros, patos, quetzales, tucanes, cotingas, gallos de roca, aves marinas y muchos más, incluido un cisne. Hay 3583 pieles de aves de referencia.
El Herbario CAUP cuenta con 5350 ejemplares exsicados y cada día se incrementa más el número de plantas, siendo una de las secciones de mayor productividad científica.
El área de Bioantropología tiene 1573 piezas de referencia y en su laboratorio se realizan estudios avanzados de Antropología Dental, Paleodieta, Entomología Forense y Paleontología, usando avanzadas técnicas de ADN.
La sala de Arqueología tiene 554 piezas en exhibición y 5480 piezas de referencia.
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